St. Joseph's comenzó en 1867 como una misión de St. John's cuando se abrieron una capilla y una academia en Broadway, cerca de East 18th Street. El obispo Corrigan avanzó la misión al estado de parroquia en 1875.
En 1876, se construyó una combinación de iglesia y escuela en Market Street al oeste de Carroll. Una iglesia, construida en 1888, fue destruida sustancialmente en el Gran Incendio de 1902 y fue reconstruida en 1904.
St. Joseph's fue responsable del desarrollo de la parroquia St. Therese.